Le professeur Aronnax, son domestique Conseil et le harponneur Ned Land, qui cherchaient à capturer un fantastique monstre marin, se retrouvent prisonniers du capitaine Némo, à bord de son sous-marin le Nautilus.

Quel lourd secret cache Némo pour vouloir les retenir ainsi à jamais ? C'est alors que, parallèlement au fabuleux périple maritime qu'ils entament, s'engage une lutte psychologique et culturelle entre Aronnax et Némo.

A l'envoûtement créé par les aventures et les découvertes fabuleuses, s'ajoute le piment des joutes scientifiques et historiques auxquelles s'adonnent le professeur et le capitaine.