Séville, 1492. Aftalion Benveniste, un diamantaire juif réputé, sent l'étau de l'Inquisition espagnole se refermer sur lui. La mystérieuse commande de trois chevaliers pour un diamant très spécial va précipiter sa fuite vers Anvers...

Boston, 2022. Alex, professeur d'histoire des Civilisations à Harvard, reçoit un étonnant colis sans adresse d'expéditeur. Le pli contient un carnet vieux de plus de cinq siècles : le journal d'un certain Aftalion Benveniste. Ce récit en apparence anodin les entraînera, sa compagne Mary et lui, dans une course contre la montre à travers le monde pour retrouver un parchemin qui pourrait bouleverser les fondations de l'Église catholique. Face à eux, deux adversaires de taille : une secte de fanatiques religieux prête à tout pour mener à bien sa mission apocalyptique, et le Vatican, déterminé à mettre la main en premier sur ce texte ancestral.