Na de 'Tweede Inslag' valt de Vierde Engel Tokyo III aan en het lot van de mensheid wordt overgelaten aan NERV. Shinji Ikari moet EVA-01 besturen. Hij en Rei Ayanami, de piloot van EVA-00, moeten vechten, maar EVA-01 is beschadigd door de Zesde Engel. Misato Katsuragi wil alle elektriciteit van Japan concentreren in het wapen van EVA-01 om de Engel te verslaan.