Mari Makinami bestuurt Provisional Unit-05 om de Derde Engel te verslaan. Asuka Langley Shikinami en EVA-02 verslaan de Zevende Engel. De Achtste valt het NERV-hoofdkwartier aan. EVA-03 wordt overgenomen door de Negende Engel en Shinji wil dat voorkomen en ontdekt dat Asuka aan boord is. Gendoh schakelt EVA-01 over naar het Dummy-systeem en valt EVA-03 aan.