Als grote problemen een bedreiging vormen voor de grote stad, is het aan Ash, Pikachu en hun vrienden om daar een einde aan te maken! Een enorm Pokémon leefgebied te midden van de drukte van de grote stad lijkt de perfecte, nieuwe verblijfplaats voor een groep van vijf Genesect te zijn. De komst van deze Mythische Pokémon wordt al snel een probleem, want hun nest vormt een gevaar voor de stroomvoorziening van de stad, en ze vallen iedereen die hen benadert aan. Tevens hebben ze de aandacht getrokken van de Legendarische Pokémon Mewtwo, die met hen meeleeft, omdat hij zelf ook ontstaan is door menselijke manipulatie. Hun leider, Red Genesect, vertrouwt Mewtwo niet en de situatie loopt al heel snel uit de hand! Kunnen Ash en zijn vrienden deze sterke Pokémon tegenhouden, voordat ze de stad zullen vernietigen?